In un lontano futuro, la terra si trova di fronte ad una terribile quanto misteriosa malattia che annienterà la sua popolazione ad eccezione degli abitanti di una città fortificata. Nonostante le apparenze, la città, non é quel gioiello che chi la governa cerca di promuovere, così un gruppo di rivoluzionari cerca di rovesciare il governo incaricando la superagente Aeon Flux, di uccidere il capo del congresso. Durante la sua missione però, Aeon Flux, scopre dei segreti che non avrebbe voluto conoscere...