Los Angeles, 1947. Due poliziotti, Blanchard (Aaron Eckhart) e Bleichert (Josh Hartnett), indagano sulla misteriosa morte di Elizabeth Short, una ex prostituta ora aspirante attrice, nota anche come Dalia Nera. I due poliziotti dopo aver scoperto che il fidanzato della vittima non é del tutto estraneo ai fatti si rendono conto che anche all'interno della polizia c'é qualcuno che non vuole far luce completamente sull'omicidio. Mentre Blanchard è sempre più preoccupato perché il raccapricciante omicidio minaccia la sua relazione con Kay (Scarlett Johansson), il suo partner Bleichert si sente sempre più attratto dalla enigmatica Madeleine Linscott (Hilary Swank), figlia di uno degli uomini più importanti della città, che si rivela stranamente legata alla vittima. 

Durante degli scavi a Gerusalemme, un'archeologa trova il corpo di un uomo crocifisso datato circa 2000 anni fa. Molte analogie farebbero pensare al corpo di Cristo, ad indagare sulla faccenda viene inviato Padre Gutierrez, ex guerrigliero e abile investigatore.  

Il vice premier cinese viene brutalmente assassinato da un killer che si fa identificare come Jason Bourne. Ma la Cia sa che il vero Jason Bourne è innocente. Ora, l'agente David Webb dovrà rivestire i panni di Bourne per smascherare l'impostore e salvare la donna che ama.  

Ritroviamo in questo sequel l'agente Bourne, che in "The Bourne Identity" del 2002, cercava di scoprire chi fosse, in "The Bourne Supremacy" del 2004 esigeva vendetta per quello che aveva subito. Adesso, sta tornando a casa...e si ricorda tutto. Bourne non ha ne un paese ne un passato. Sottoposto ad un training brutale di cui non ha memoria da parte di persone che non può identificare, Bourne è stato trasformato in una sofisticata arma umana-per la CIA l'obbiettivo più impossibile da rintracciare. Da quando lo hanno ritrovato alla deriva nel Mar Mediterraneo a largo delle coste italiane diversi anni fa, si è imbarcato in un disperato viaggio alla ricerca della propria identità e di chi lo abbia addestrato ad uccidere. Tuttavia, dopo l'assassinio della sua amante Marie da parte di un killer, tutto ciò che Bourne desiderava era vendicarsi. Una volta raggiunto il suo scopo, ciò che voleva era scomparire per sempre e dimenticare la vita che qualcuno gli aveva sottratto. Ma la prima pagina di un quotidiano londinese che pone degli interrogativi in merito alla sua esistenza pone fine a tale speranza e Bourne si trova ad essere nuovamente un bersaglio. La Treadstone, l'operazione top-secret che ha creato questo super assassino, è ormai defunta. E' stata ricostituita come programma Blackbriar del Dipartimento della Difesa , con una nuova generazione di killer addestrati-nascosto alle ingerenze interne o estere-a disposizione del governo. Per loro Bourne è una minaccia difettosa da 30 milioni di dollari che deve essere eliminata una volta per tutte. Per lui, loro sono l'unico legame con una vita che ha tentato in vano di dimenticare. Bourne è alla fine della corsa. Questa volta a fermarlo non basteranno le vacue promesse dei suoi ex padroni ne l'uccisione di coloro che lo inseguono senza tregua. non avendo più nulla da perdere utilizzerà ogni sottile tecnica acquisita durante il suo addestramento e ogni tipo di istinto che ha affinato nel frattempo per perseguire i suoi creatori e porre fine al tutto. La sua ricerca lo porterà da Mosca a Parigi e da Madrid a Londra e a Tangeri-sfuggendo, superando in astuzia e contro manovrando gli agenti del Blackbriar, gli agenti federali e la polizia locale minuto dopo minuto-in una disperata ricerca di risposte alle domande che lo tormentano. E il viaggio di Bourne alla fine lo porterà là dove tutto ha avuto inizio e dove tutto dovrà finire: le strade di New York.  

Un giovane lattaio appassionato di boxe, per una serie di eventi fortunati, si ritrova a sfidare il campione del mondo.